La velocidad de la corriente, la pureza y la profundidad de los ríos determinan los tipos de fauna y de flora que viven en ellos.
En los ríos de corriente lenta como el Ouysse, encontramos especies como el Nenúfar amarillo y plantas más raras como el Potamogeton de Fries (especie amenazada) y el llanten de agua flotante (especie protegida).
Los sectores a aguas corrientes de los ríos Lot, Dordogne y Célé albergan peces adaptados a la corriente como las Truchas Fario, los Gobios y los Cotos.
En los ríos Lot y Célé, el lucio aprovecha los antiguos saetines de los molinos para reproducirse.
A causa de la diversidad de sus hábitats acuáticos, el río Dordogne posee la fauna más rica. Además, la instalación de pasos y de ascensores para peces a la altura de las presas ha permitido a los grandes migratorios (Salmón del Atlántico, La trucha de mar, el Sábalo y la Lamprea marina), remontar este río para reproducirse.
Además de la avifauna relativamente extendida en los ríos (Martín pescador, Mirlo acuático, Garza real), el río Dordogne alberga al Chorlitejo chico y al Andarríos chico. En su cuenca también encontramos dos vertebrados, el uno protegido y el otro amenazado: la Nutria y el Galápago europeo.
Gracias a la diversidad y a la riqueza rara de sus medios naturales, varios valles forman parte de la red europea de áreas de conservación de la biodiversidad " Natura 2000".
Es el caso particular de los valles de los ríos Rauze y Vers que ofrecen a la vez céspedes secos, hábitats rocosos, bosque de laderas, praderas naturales… y que acogen especies tales como la Lycaena dispar (pequeña mariposa anaranjada y azul de las praderas naturales) o el Halcón peregrino que anida en los acantilados del valle del río Vers. Molinos, aldeas y pueblos pintorescos acaban de conferir a estas zonas un encanto muy particular.
Los valles de los ríos Ouysse y Alzou también están inscritos en el programa Natura 2000. Forman uno de los conjuntos paisajísticos más intimidantes y fascinantes. El aspecto salvaje y monumental de su cañón combina perfectamente con la riqueza arquitectónica de Rocamadour.
