El "mundo subterráneo" forma parte de los patrimonios todavía poco conocidos del Parque.
En las Mesetas calcáreas de Quercy, el trabajo del agua a lo largo de los tiempos geológicos ha contribuido a la excavación de numerosas “igues” (cavidades kársticas) y ríos subterráneos, grutas y refugios bajo rocas.
Ciertas grutas protegen yacimientos paleontológicos extraordinarios, como las minas de fosfato du Quercy.
En el siglo XIX, la región de Quercy era conocida por la explotación de estas minas de fosfato que corresponden a verdaderas minas excavadas en los sedimentos de viejos abismos rellenados. Los fosfatos extraídos eran utilizados como abono para la agricultura.
Las minas de fosfato son también "yacimientos" para los paleontólogos porque constituyen trampas de fósiles extremadamente ricas que permiten conocer la evolución de los climas y de las especies desde hace varios millones de años.
Otras grutas han sido habitadas por el hombre desde la Prehistoria. En el territorio han sido censados 28 grutas y refugios con pinturas o grabados prehistóricos. Esta fuerte densidad, tan importante como en el departamento de Dordogne, se concentra alrededor de la gran gruta de Pech-Merle, en la confluencia de los ríos Lot y Célé.
Las representaciones, las más antiguas datadas de hace 25 000 años, se inscriben sobre las paredes de las cuevas y muestran un estilo artístico original y típico de Quercy. Para descubrir estos lugares sagrados de la Prehistoria, dos grutas decoradas están abiertas: La gruta de Pech-Merle en Cabrerets y la de las Maravillas en Rocamadour.
